Non vi fu una vera e propria produzione in serie di Spitfire idrovolanti ma durante la guerra ne furono costruiti alcuni partendo dalle versioni normali.
Mk I: nel 1940 un Mk I, l’esemplare R6722, fu dotato di gallegianti per operare dai fiordi scandinavi. L’esemplare però aveva caratteristiche così scadenti che fu soprannominato “Incubo di Narvik” e l’idea non ebbe seguito.
Mk VB (1): Durante la guerra del Pacifico, visto il gran numero di atolli e isole e le grandi distanze che gli aerei avrebbero dovuto compiere, fu costruito uno Spitfire Mk VB in versione idro. L’aereo, denominato W3760, aveva buone caratteristiche di volo e una velocità di 521 km/h e fu considerato un successo.
Mk VB (2): Per prepararsi ad un possibile impiego nelle isole dell’Egeo fu costituita una squadriglia di spitfire Mk VB idrovolanti. La squadriglia era comandata dal capitano Willie Lindsay, un asso con 6 vittorie, ed era costituita da 5 membri. Anche se ne erano stati ordinati 3, solo 2 Mk VB furono convertiti in versione idro, l’EB751 e l’EP754. La squadra non affrontò mai battaglie perché a metà Dicembre lo schieramento in Egeo fu cancellato.
Mk IX: Nel 1944 un Mk IX fu convertito a idrovolante. L’aereo aveva una velocità di 607 Km/h ma non ebbe seguito.